微生物生态学是研究微生物与环境之间相互关系的一门科学，是生态学领域的重要组成部分。作为生态学本科生的专业核心课程，课程以“基于微生物组改善人类、动物、植物和整个生态系统健康”为理念，系统介绍微生物生态学的发展历程、不同生境微生物群落特征、微生物调控的污染物转化和生物地球化学循环、微生物生态学研究方法以及在农业、环境、医疗等领域的应用。通过课程学习，培养学生掌握微生物生态学基础理论和技术方法，理解微生物组在生态文明建设和环境保护中的重要作用，培养能够践行可持续发展和生态文明建设的创新型复合型人才。课程特色包括：
       1.立足国家需求，强化使命担当：将微生物生态学理论与生态文明建设、气候变化、粮食安全等国家重大需求紧密结合，以微生物生态学的调控理念为核心解决生态环境、农业生产和资源瓶颈等问题，通过理论与实践的深度融合，强化学生的专业使命感和责任担当。
       2.紧跟学科前沿，夯实专业基础：将基因芯片、高通量qPCR、稳定同位素探针技术以及宏基因组测序等前沿技术手段引入课堂，提高学生运用所学知识解决科学问题的能力。
       3.寓研于教，提升综合素养：将前沿科研成果和实际应用案例融入教学，让学生在追踪学科发展动态的同时，激发创新思维，提升课程的高阶性、创新性和挑战度。